Le Waterberg se trouve dans la région ayant sa saison des pluies en été (de novembre à février). La quantité moyenne de précipitations annuelles est estimée à 500 mm mais varie en fait entre 400 mm dans la zone de basse altitude au nord et 600 mm dans la région plus élevée de sa frontière du sud-ouest.

Les températures moyennes maxima et minima sont respectivement de 20°C et 20°C en juillet et de 14°C et 30°C en janvier. Le gel au sol est courant pendant les mois d’hiver ( moyenne de 61 à 90 jours de gel par an). Lapalala enregistre également entre 5,1 et 7,5 coups de foudre par 100 hectares et par an.